17 czerwca 2017 r. jednostka zderzyła się w rejonie bazy Yokosuka na wyspie Honsiu z filipińskim kontenerowcem ACX Crystal. W wyniku kolizji okręt odniósł poważne uszkodzenia, a śmierć poniosło siedmiu członków jego załogi. Ekipy awaryjne, a także przybyłe na pomoc inne jednostki pozwoliły na powrót niszczyciela do bazy, znajdującej się ok. 60 mil morskich od miejsca zdarzenia.
Czytaj także: 67. okrętu typu Arleigh Burke rozpoczyna służbę
Ze względu na stopień uszkodzeń, zdecydowano się na transport niszczyciela do stoczni w Stanach Zjednoczonych. Wykorzystano do tego transportowiec ładunków wielkogabarytowych Transshelf. Wykonawcą remontu została stocznia Huntington Ingalls Industries w Pascagoula. Koszt remontu oszacowano na 370 mln dolarów, a prace rozpoczęły się w lutym 2018 r. Przy okazji remontu przeprowadzono także modernizację wyposażenia okrętu.
USS Fitzgerald jest jednym z dwóch niszczycieli typu Arleigh Burke, które odniosły w 2017 r. uszkodzenia w wyniku kolizji z jednostkami handlowymi. Drugim z nich był USS John McCain (DDG 56), którego remont zakończono w październiku 2019 r.
Czytaj także: Położenie stępki pod niszczyciel USS John Basilone