W ramach II transzy umowy, zawartej jeszcze w kwietniu 2009 r., Embraer zmodernizował pięć jednomiejscowych maszyn i dwie dwumiejscowe, które noszą obecnie oznaczenie AF-1B i AF-1C. Prace objęły m.in. integrację nowej stacji radiolokacyjnej, systemów nawigacyjnych, komputera misji i nowych systemów zobrazowania danych, które pozwalają na zwiększenie świadomości sytuacyjnej pilotów, a także układów wymiany informacji i łączności, układów zasilania w energię elektryczną i pokładowej wytwornicy tlenu. Dodatkowo projekt obejmował opracowanie i dostawę nowoczesnego symulatora FMS, który ma pozwolić na obniżenie kosztów szkolenia i podtrzymania nawyków przez pilotów maszyn tego typu. Była to druga transza zmodernizowanych Skyhawków, pierwsza liczyła cztery AF-1B i jeden AF-1C, które dostarczono w latach 2015-2017. W sumie program modernizacji objął 12 maszyn (dziewięć AF-1B i trzy AF-1C). Według deklaracji Embraera, zapas resursu samolotów pozwala na kontynuację ich eksploatacji do 2030 r.