Dzień wcześniej, 24 kwietnia, na zwołanej specjalnie konferencji prasowej dowództwa Marynarki Wojennej Republiki Indonezji (Tentara Nasional Indonesia-Angkatan Laut, TNI-AL), potwierdzono autentyczność pierwszych znalezionych szczątków. Mowa o części wyrzutni torped, zestawu do smarowania peryskopów i dywaników modlitewnych członków załogi. To z kolei utwierdzało władze, że faza poszukiwawczo-ratownicza została formalnie zakończona i rozpoczęła się faza poszukiwania wraku jednostki.
Czytaj także: Thales zmodernizuje indonezyjską korwetę
Wrak KRI Nanggala odnalazła singapurska jednostka ratownicza MV Swift Rescue, która dotarła w rejon akcji 24 kwietnia. Dodatkowo poszukiwanie wspierały m.in. amerykańskie samoloty patrolowe Boeing P-8A Poseidon.
Okręt podwodny KRI Nanggala (402) miał przeprowadzić ćwiczebne strzelanie torpedowe. 20 kwietnia w godzinach porannych czasu lokalnego załoga poprosiła o zgodę na zanurzenie na akwenie na północ od Bali. Po jej otrzymaniu okręt rozpoczął procedurę, jednak potem, w określonym w ramach ćwiczenia czasie, nie udało się nawiązać z nim łączności. Jako pierwszy w rejonie wydarzenia próby skomunikowania się podjął towarzyszący KRI Nanggala w tym szkoleniu okręt wielozadaniowy KRI Spica (934).
Wkrótce marsz. lotnictwa Hadi Tjahjanto, dowódca Sił Zbrojnych Republiki Indonezji, poinformował że KRI Nanggala zaginął około 95 km (51 mil morskich) na północ od Bali. Marynarka poinformowała, że KRI Nanggala poprosił o pozwolenie na zanurzenie w celu odpalenia torpedy AEG SUT o godzinie 03:00 czasu lokalnego (20:00 UTC, 20 kwietnia). Około godziny po uzyskaniu zgody okręt stracił kontakt z personelem na powierzchni. Nazajutrz (21 kwietnia) TNI-AL wysłała wezwanie pomocy do Międzynarodowego Biura Łącznikowego ds. Ratowania Załóg Okrętów Podwodnych (International Submarine Escape and Rescue Liaison Office).
