Nowy problem, odkryty w lipcu 2019 r., dotyczy nieszczelności przewodów paliwowych w samolotach. Według USAF napraw wymaga 16 już dostarczonych egzemplarzy. Technicy użytkownika i Boeinga znajdują przecieki paliwa pomiędzy barierami ochronnymi zabezpieczającymi przed rozlewaniem cieczy na większej powierzchni we wnętrzu samolotów. Napraw dokonano dotąd na siedmiu KC-46A. Obecnie brak informacji jakie są przyczyny tego zjawiska. Wśród najbardziej prawdopodobnych wymienia się niską jakość prac montażowych bądź wadliwą partię części zastosowanych podczas montażu.
Czytaj także: Izrael coraz bliżej zakupu powietrznych tankowców KC-46A Pegasus
Dotychczas Boeing dostarczył USAF ok. 40 samolotów tankowania powietrznego KC-46A Pegasus. Kolejne 32 znajdują się w różnych stadiach montażu bądź zostały zamówione (w tym pierwszy dla Japońskich Powietrznych Sił Samoobrony).
Obecnie Boeing wstrzymał montaż samolotów KC-46A Pegasus, co ma związek z próbą ograniczenia epidemii koronawirua.